Управление ЧОУ ДПО «СПбЦЭ» осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Высший орган управления - Собственник.
Единоличный исполнительный орган - Директор.
Коллегиальные органы: Общее собрание работников и Педагогический совет. Полномочия органов управления разграничиваются согласно Уставу и локальным нормативным актам ЧОУ ДПО «СПбЦЭ»
Органы управления созданы в целях управления качеством образовательного процесса и профессиональной подготовки специалистов, развития содержания образования, обеспечения интеллектуального, культурного и нравственного развития слушателей, совершенствования научно-методической работы и содействия повышению квалификации педагогов.
Учреждение не имеет филиалов, структурных подразделений.
Руководство ЧОУ ДПО «СПбЦЭ» осуществляет Директор Куликов Даниил Юрьевич, срок полномочий которого составляет 7 лет.